Als Natura 2000 wird ein länderübergreifendes Schutzgebietssystem innerhalb der Europäischen Union bezeichnet. Es handelt sich um ein kohärentes (zusammenhängendes) ökologisches Netz besonderer Schutzgebiete, die sich aus besonderen natürlichen Lebensraumtypen der Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie (FFH-Richtlinie) und ausgewiesenen Gebieten nach der Vogelschutzrichtlinie zusammensetzen.

Ziel von Natura 2000 ist der Fortbestand oder gegebenenfalls die Wiederherstellung eines günstigen Erhaltungszustandes dieser natürlichen Lebensraumtypen und Habitate. Im Landkreis ist eines der größten Natura 2000-Gebiete beispielsweise das Vogelschutzgebiet „Wälder zwischen Wittlich und Cochem“. Exemplarisch als FFH-Gebiet ist das Gebiet „Moselhänge und Nebentäler der unteren Mosel“ zu nennen, das sich aus mehreren Teilflächen zusammensetzt.